Nei quasi quarant'anni di lavoro, che hanno visto il progressivo arricchirsi ed affinarsi dell'impostazione metodologica della ricerca, con l'apporto disciplinare delle diverse specializzazioni dell'archeologia, sono stati scavati e indagati sistematicamente la Porta onoraria Nord della città, dedicata a Domiziano, il tempio di Apollo costruito sull'antico Plutonion, alcuni edifici di culto cristiano, tra cui emerge per eccezionalità d'impianto il Martyrion di San Filippo, e parte delle vaste necropoli che circondano la città. Si è iniziato inoltre lo scavo del grande teatro di età flavia, cui è seguita l'indagine dell'agorà commerciale nella zona periferica della città.

Parte integrante dell'attività della Missione sono gli interventi per il consolidamento e la conservazione delle strutture e dei materiali emergenti dallo scavo. L'idea di conservazione che la Missione ha cercato di seguire fin dall'avvio dei lavori è fondata sulla consapevolezza dell'unicità e dell'insostituibilità del patrimonio del sito; da ciò è emersa la necessità di operare anche limitati interventi che permettano di tutelare questo benee di porre in evidenza la valenza culturale delle testimonianze di uno dei principali siti antichi dell'Asia Minore, inserito dall'UNESCO tra il patrimonio dell'umanità.